В дистрибутивах Ubuntu окружением рабочего стола является Unity, которое в свою очередь, как плагин входит в перечень плагинов оконного менеджера Compiz.
Оконный менеджер Compiz с плагинами после установки дистрибутива Ubuntu настроен по умолчанию, т.е. всё что пользователь видит на рабочем столе (мониторе): рабочий стол, боковая и верхняя панели, открытые окна приложений и различные трёхмерные визуальные эффекты, всё это управляется Compiz и его плагинами.
Управление/настройки плагинами Compiz осуществляются специальной конфигурационной программой - CompizConfig Settings Manager, которая во избежание неправильных настройек неопытными пользователями, не установлена в дистрибутиве по умолчанию, но находится в свободном доступе, в репозиториях Ubuntu или иными словами в Центре приложений Ubuntu.

Настройка прозрачности верхней панели





Вариант 1.

Как раз для того чтобы сделать верхнюю панель Unity прозрачной нам и понадобится Менеджер настроек Compiz. Вы можете установить его, как я писал выше, из Центра приложений или скопировать и выполнить следующую команду в терминале (Ctrl+Alt+T):

sudo apt-get install compizconfig-settings-manager

По окончании установки вы найдёте Менеджер настроек Compiz поиском в меню (клавиша Super, с логотипом Windows), вводом в поике латинских букв - ccsm:


После того как откроется окно менеджера, кликните на плагине Ubuntu Unity Plugin в категории Рабочий стол, чтобы войти в его настройки:


В вкладке General находим строку Panel Opacity и выставляем цифровое значение на нужную величину прозрачности. Я выставил для наглядности прозрачность на 0,0000 (ноль), т.е. панель в этом случае будет польностью прозрачной:


Вариант 2.

Есть другой вариант сделать верхнюю панель Unity прозрачной, более безопасный в плане настройки плагина Unity, с помощью настройщика окружения Unity - Unity Tweak Tool. Этот инструмент также не установлен по умолчанию, но имеется в свободном доступе Центра приложений или установить его с помощью терминала командой:

sudo apt-get install unity-tweak-tool

По окончании установки вы также найдёте Unity Tweak Tool поиском в меню (клавиша Super):


Когда откроется окно Unity Tweak Tool, перейдите в категорию Unity - Панель:


И передвиньте флажок на нужную величину прозрачности панели в категории Общие - Степень прозрачности:


Заключение

Оба способа регулировки прозрачности верхней панели работают синхронно, т.е. если вы сделали изменения, например, в Unity Tweak Tool, то в Менеджере настроек Compiz автоматически выставляется эта же величина и наоборот.

Удачи.