Я не буду в этой статье возвращаться к настройкам elementary OS Loki, они описаны в   Elementary OS 0.4 "Loki" после установки, т.к. elementary OS 0.4.1 отличается от Elementary OS 0.4 только тем, что обновлённая elementary OS 0.4.1 использует пакетную базу Ubuntu 16.04.2, ядро Linux 4.8 с улучшенной поддержкой оборудования и новой версией Центра установки приложений (AppCenter) с поддержкой установки программ, специально разработанных для Elementary OS и размещённых в каталоге AppCenter Dashboard.

В этой небольшой инструкции мне хотелось бы остановиться на двух аспектах, которых нет в официальных настройках системы, а именно: изменение цвета системной панели - Wingpanel и конфигурации значка раскладки клавиатуры с прямоугольного на круглый.

Примечание. Прежде чем начать описание изменений, хочу заметить, что не стоит в  дистрибутиве  elementary OS устанавливать другие темы, т.к. в нём  используются специфические библиотеки libgranite и установка других тем оформления, не имеющих зависимости libgranite, попросту "ломает" конфигурацию основных и модальных (по правому клику) окон приложений. Поэтому я рекомендую использовать в elementary OS тему оформления по умолчанию - elementary, о которой в дальнейшем пойдёт речь.

Итак, в теме оформления  elementary, разработчики дистрибутива применили некую фишку. Если мы открываем рабочий стол с обоиной по умолчанию или окно на нём, открытое не на весь экран, то верхняя панель - Wingpanel остаётся прозрачной:


В случае открытия окна на весь экран, панель принимает сплошной чёрный цвет и, наконец, при использовании некоторых обоев по умолчанию, задействованных в дистрибутиве, панель становится полупрозрачной, с оттенком чёрного цвета.

Для любителей "поковыряться" в конфигурационных файлах, я предлагаю изменить цвет системной панели на пользовательский, т.е. ваш. Для примера я использовал цветовой код #007b82 вместо прозрачного.

Вот так будет выглядеть Wingpanel с обоиной по умолчанию и окном приложения, открытым не на весь экран:


А так Wingpanel будет отображаться при открытии окна приложения на весь экран.


И, наконец, отображение Wingpanel'и с некоторыми обоями и окнами открытыми не на весь экран.


Приступим.
Для задания цветов, шрифтов, расположения отдельных блоков и других аспектов представления внешнего вида приложений и рабочего стола используются так называемые каскадные таблицы стилей CSS (англ. Cascading Style Sheets) в конфигурационных файлах системы.

Примечание. Чтобы редактировать файлы, нам необходим текстовый редактор. Тот что по умолчанию - Scratch, какой-то "обрубок", по сравнению с гнововским - Gedit, поэтому я предлагаю установить его следующей командой в терминале:

sudo apt install gedit

Теперь откройте на редактирование файл apps.css в теме elementary следующей командой в терминале:

sudo gedit /usr/share/themes/elementary/gtk-3.0/apps.css


Когда откроется редактор с файлом, перейдите в раздел * Panel * и в строке .panel background-color измените на код #007b82 вместо transparent.
 Нажмите кнопку Сохранить.

Чтобы изменения вступили в силу, необходимо перезагрузить Wingpanel следующей командой в терминале:

killall wingpanel

Если вы хотите изменить/применить другой код цвета панели вместо #007b82, откройте в браузере поисковик Google, введите в поиск этот код, в первом же результате поиска:  1- выберите нужный цвет, 2 - в цветовом цилиндре передвигайте флажок для выбора тона, 3 - и когда выберите нужный цвет и тон, скопируйте код для вставки из левой колонки:


Примечание.  В этом же файле, раздела  * Panel *, в строке .panel .maximized background-color: #000; (чёрный), также можете изменить на свой код вместо #000. Тогда при открытии окна на весь экран, Wingpanel будет принимать выбранный вами цвет вместо чёрного.
Не забывайте нажать кнопку Сохранить и выполнить команду для перезагрузки панели.

Изменение конфигурации значка раскладки клавиатуры.


К сожалению с переходом значка раскладки на ibus, стало невозможным встроить флажки стран вместо текста.
Чтобы изменить значок с квадратного на круглый, в этом же файле apps.css раздела * Panel *, в строке .composited-indicator .keyboard, в значении border-radius: измените с 2px на 10px (верхний снимок), сохраните изменения и перезагрузите панель.

Вот и всё.

Удачи.