Ранее уже сообщалось, что разработчки Ubuntu MATE отказываются от Центра приложений Ubuntu, ввиду его громоздкости и нестабильности, мотивировав свой шаг недовольством пользователей, но что будет взамен, вопрос остался пока открытый, либо App Grid, либо Центр приложений GNOME. Теперь и разработчики Ubuntu также приняли решение отказаться в Ubuntu 16.04 LTS от Центра приложений Ubuntu и задействовать вместо него штатный установщик приложений GNOME - GNOME Software Center.
Помимо этого, из базовой установки Ubuntu 16.04 LTS будут исключены: программа для записи CD/DVD Brasero и клиент для мгновенного обмена сообщениями Empathy. Обясняется это тем, что CD/DVD-диски в настоящее время утратили свою актуальность и их потеснили Flash-накопители (флешки), а вместо клиента для сетей мгновенного обмена сообщениями Empathy, пользователи стали использовать мобильные/web-ориентированные чат-сервисы. Но эти программы не исключены из репозиториев Ubuntu и пользователь в любой момент сможет без труда установить их. Из вновь добавленных приложений отмечен Календарь GNOME.