О том, как сделать меню значков в трее и Nautilus прозрачным в Ubuntu я уже писал ЗДЕСЬ. Теперь сделаем наши окна прозрачными.
Чтобы сделать окна/окно прозрачным, прежде всего нужно чтобы у вас был установлен Менеджер настройки CompizConfig:

sudo apt-get install compizconfig-settings-manager

1. Прозрачность всех открытых окон

Откройте Менеджер настроек CompizConfig ->Специальные возможности и активируйте плагин (поставьте флажок) Прозрачность, яркость и насыщенность:



Теперь зайдите в настройки плагина, кликнув на нём и в вкладке Прозрачность кликните на кнопке Создать:


Должно открыться новое окно - Изменить:


Выставьте цифровое значение прозрачности окон (указано стрелкой) на своё усмотрение и клик на кнопке со знаком +. Откроется следующее окно - Изменить соответствие, где нужно выбрать в соответствии Тип -  Тип окна:


Теперь клик на кнопке Считать и появившимся крестиком вместо курсора кликните в любом месте окна Менеджер настройки CompizConfig, чтобы в поле Значение появилось слово Normal, т.е. обычное, нормальное окно, которое будет открыто:


И последнее. Клик Добавить в окне Изменить соответствие и Закрыть в окне Изменить.
Ваши окна сразу должны принять прозрачность.

Чтобы изменить цифровое значение прозрачности на другое - больше или меньше, кликните на созданной строке в плагине и нажмите кнопку Изменить:


Измените значение в окне Изменить и закройте его:


Если вы решите не использовать прозрачность окон, кликните на строке с параметрами прозрачности и кнопка Удалить.

2. Прозрачность конкретного окна/окон

Для прозрачности конкретного выбранного вами окна, откройте его (я выбрал для примера окно Nautilus), теперь в плагине  Прозрачность, яркость и насыщенность вновь - Создать, далее в окне - Изменить выставьте цифровое значение и клик на плюс (+), а в окне Изменить соответствие - Тип, выберите - Имя окна, затем клик на Считать и образовавшимся крестиком клик на окне Nautilus (либо ваше выбранное окно):



Таким образом вы можете назначать прозрачность других выбранных вами окон, а ещё проще добавлять в эту же строку через пробел, прямую черту и ещё пробел, название других окон:


Вот и всё.

Удачи.