По умолчанию в Ubuntu/Linux Mint, при воспроизведении музыки в плеерах: Rhythmbox, Audacious, Banshee и  пр., а также Totem (Видео) при входящем звонке Skype, звук продолжает воспроизводится даже после ответа на вызов, хотя в Skype 5 (Windows) автоматически уменьшается звук во время вызова.
Как с этим бороться в Linux?
В Linux PulseAudio имеет функцию, которая позволяет приглушить звук плеера при входящем вызове, но она не включена по умолчанию, по крайней мере в Ubuntu/Linux Mint.

Чтобы задействовать данную функцию в Ubuntu/Linux Mint, необходимо сделать следующее:

Подключение модуля в Ubuntu 14.10/14.04 и Linux Mint 17, откройте терминал (Ctrl+Alt+T), скопируйте и выполните следующую команду:

pactl load-module module-role-cork

Для Ubuntu 12.04/Linux Mint 13 выполните в терминале эту команду:

pactl load-module module-cork-music-on-phone

Чтобы данная функция была активирована после входа в систему, необходимо открыть файл default.pa на редактирование следующей командой:

sudo gedit /etc/pulse/default.pa

И в конце файла default.pa скопировать/вставить строку:

Для Ubuntu 14.10/14.04 и Linux Mint 17:

load-module module-role-cork

Для Ubuntu 12.04/Linux Mint 13:

load-module module-cork-music-on-phone

Сохраните файл и закройте редактор.

А теперь включите плеер и сделайте пробный звонок Skype, чтобы убедиться, что подключённая функция задействована, и звук плеера отключается, хотя плеер продолжает работать.

Примечание. К сожалению подключение данной функции не срабатывает автоматически в браузерах при воспроизведении звука. Т.е. если вы смотрите фильм или слушаете музыку в любом из браузеров: Firefox, Gooogle Chrome, Chromium и т.п., при входящем звонке Skype, звук продолжает воспроизводится.

Удачи.