Что такое Запускаемые приложения, это приложения, которые запускаются при каждом входе в систему. Но у некоторых программ в настройках отсутствует функция автостарт или что-то подобное.
Для примера возьмём браузер Firefox, установленный в дистрибутиве Ubuntu по  умолчанию, но не имеющий функции автостарт и разберём как его правильно включить/добавить в Запускаемые приложения.

Прежде всего нужно установить пакет под названием alacarte ( Главное меню), который есть в Центре приложений Ubuntu  или выполните команду в терминале:

sudo apt-get install alacarte

После установки откройте меню Даш, введите начальные буквы alacarte и клик на значок Главное меню:





Кликните (выделите строчку указателем мыши): Интернет ->Веб-браузер Firefox, затем нажмите кнопку Свойства, как отмечено на снимке.

Далее откройте Запуск приложений...:




Нажмите кнопку 1. Добавить, в открывшееся окно Добавить программу, 2. последовательно перекопируйте все поля из окна Свойства кнопки запуска (Главного меню), 3. Добавить и 4. Закрыть.

Должно получиться как на нижнем снимке:



Теперь при каждом следующем  входе в систему автоматически будет открываться Firefox.

Аналогично пропишите в Запускаемые приложения другие предпочтительные программы, не имеющие в настройках функции автозапуска, которые будут открываться при входе в систему.

Удалить программу из окна Запускаемых приложений ещё проще. Снимите флажок с той программы, которую не  хотите запускать при старте системы или выделите мышкой строку и нажмите кнопку Удалить.

Вот и всё.

Удачи.