Я уже писал ЗДЕСЬ о том, что в Ubuntu 13.04 многих пользователей не устраивает файловый менеджер Nautilus своей "аскетичной" функциональностью и в связи с этим устанавливают альтернативный файловый менеджер для более комфортной работы.

Если альтернативный файловый менеджер установлен, то как можно сделать его менеджером по умолчанию?

Прежде всего нужно установить пакет exo-utils.

Откройте терминал (Ctrl+Alt+T), скопируйте и выполните следующую команду:

sudo apt-get install exo-utils

Теперь откройте Предпочитаемые приложения следующей командой:

exo-preferred-applications

В открывшемся окне перейдите во вкладку Утилиты и кликните на кнопке с надписью Nautilus:



Выберите Другой, кликните на папочке, что находится справа, в открывшемся окне выберите установленный альтернативный файловый менеджер (в моём примере - Nemo, у вас может быть другой) и нажмите OK:


В окне Выбор файлового менеджера должен отобразится путь  к выбранному менеджеру. Если всё верно, нажмите OK.


Как видно на нижнем снимке, Выбранный файловый менеджер будет использоваться - Nemo:



Чтобы это проверить, откройте в Меню своего браузера - Инструменты - Загрузки, в открывшемся окне правый клик на любом загруженном ранее файле и выберите Открыть папку с файлом:


Как видно на нижнем снимке, в моём случае данный файл открылся в файловом менеджере Nemo, т.е. в менеджере по умолчанию - Ubuntu 13.04:



Вот и всё.

Удачи.