По умолчанию меню значков в трее выглядит следующим образом:

То есть оно непрозрачное.

Чтобы сделать меню прозрачным, прежде всего нужно чтобы у вас был установлен Менеджер настройки CompizConfig:

sudo apt-get install compizconfig-settings-manager

Откройте Менеджер настроек CompizConfig ->Специальные возможности и активируйте (паставьте флажок) плагин Прозрачность, яркость и насыщенность:



Зайдите в настройки плагина, во вкладке Прозрачность и кликните на кнопке Создать:



После чего должно открыться окно под названием Изменить:



В этом окне нажмите на кнопке со значком плюс (+), откроется следующее окно Изменить соответствие:



В значении Тип, выберите Заголовок окна и кликните на кнопке Считать, после чего ваш курсор должен измениться на крестик. Кликните дважды этим крестиком на любом значке а трее, после чего в поле Значение у вас должна отобразиться надпись unity-panel:



Нажмите кнопку Добавить. И в окне Изменить выставьте цифровое значение прозрачности на своё усмотрение (указано стрелкой):



После того как все параметры выставлены, закройте окно Изменить.

Теперь все меню значков в трее стали прозрачными:




Для того чтобы сделать прозрачным меню файлового менеджера Nautilus, достаточно дописать в окне Изменить, в поле Окна - title=nautilus через пробелы и прямую разделительную черту. Должно получиться как на снимке:



И закройте окно Изменить.

Теперь откройте окно Nautilus и активируйте в нём любое меню, чтобы убедиться в его прозрачности:




Вот и всё.

Удачи.