В системе Ubuntu 64-бит, Skype использует тему оформления Clearlooks вместо темы Ubuntu по умолчанию - Ambiance (другие темы также отображаются не корректно).
Это происходит потому, что Skype представляет собой 32-битное приложение с темой GTK2, где движок Murrine в большинстве случаев не установлен. http://compizomania.blogspot.com/
Вот снимок окна Настройки Skype в 64-битных системах Ubuntu до исправления:


А это снимок Настройки Skype после исправления:


Для исправления темы оформления в Skype (64-bit) нужно установить движок Murrine GTK2. Откройте терминал скопируйте и выполните следующую команду в Ubuntu 14.04/13.10:

sudo apt-get install gtk2-engines-murrine:i386

Для Ubuntu 12.04/12.10 - выполните эту команду:

sudo apt-get install ia32-libs

По окончании установки перезагрузите Skype.

http://compizomania.blogspot.com/
Удачи.