Прежде всего давайте разберёмся, что такое Wubi,  для чего служит и его особенности.

 Wubi

Wubi (Windows-based Ubuntu Installer) — официальный свободный установщик Ubuntu Linux, предназначенный для запуска в операционных системах семейства Windows, лицензированный под GPL. С помощью Wubi пользователи Windows могут устанавливать и удалять Ubuntu как обыкновенную Windows-программу.
Wubi можно найти на Ubuntu Live CD.Целью проекта является оказание помощи пользователям Windows, не знакомым с Linux, в постепенном освоении этой системы без риска потери информации при подготовке диска к клacсической инсталляции.
Wubi не является виртуальной машиной или дистрибутивом. Он создаёт автономную инсталляцию, не используя образы дисков (loopmounted device), в отличие от Topologilinux.
Говоря простым языком, пользователь устанавливает файл с программой, но довольно объёмный файл.

Описание

После запуска wubi.exe создаётся папка с необходимыми файлами Ubuntu.При перезагрузке компьютера в стандартном загрузочном меню выбора операционных систем Windows будет отображаться дополнительная строка Ubuntu и пользователь сможет выбирать между Windows и Ubuntu.
Удалить wubi.exe (и все файлы Ubuntu) можно в любой момент, как обычную программу через Панель управления с помощью меню Установка и удаление программ Windows.
Wubi по умолчанию скачивает 700 мегабайтный файл образа системы из интернета, но также поддерживает уже скачанные образы CD (DVD не поддерживается), если они находятся в том же каталоге, и образы, смонтированные в виртуальный оптический привод.

Особенности

Файловая система Wubi более уязвима к жестким перезагрузкам (отключению питания), чем нормальная файловая система.
При установке Ubuntu с помощью Wubi на тот же раздел, что и Windows, Ubuntu может демонстрировать уменьшение производительности из-за фрагментации файловых систем FAT32/NTFS, которая может быть уменьшена дефрагментацией диска. Поэтому не стоит ждать от неё производительности.

В данной статье я не ставил своей целью сравнение систем: Windows перед Ubuntu Linux и наоборот. Тут каждый пользователь выбирает своё, а может быть устанавливает  обе системы рядом на жёстком диске, т.к. говорилось выше, wubi служит в основном "пощупать" новую систему, а не использовать как рабочую и если Ubuntu вам понравилась, то лучше установить её на жёсткий диск, не пожалев 25 ГБ пространства ( с учётом расширения, за счёт добавления новых программ).

Удачи.